當天，奉天殿內舉行大朝會，當庭正式宣布旨意，改組內閣與軍機。

    旨意中明確表示，皇帝之下分為內閣和軍機。

    內閣辦公地點在紫禁城奉天殿東邊的文華殿，軍機辦公地點在奉天殿西邊的武英殿。

    住在文華殿的永王和定王二人，搬出紫禁城，朱慈烺將抄家所得的魏國公府和保國公府，分別賜給定王和永王，作為王府。

    內閣大臣管理全國政務，治理國家促進發展，掌管除軍隊和宗室外的一切國政事物。

    內閣下屬吏部、戶部、禮部、工部、刑部、教化部、財政部（稅務部）、海事部、鴻臚寺（外交部）、翰林院。

    軍機大臣管理軍事，負責軍事作戰，開疆拓土。

    軍機控制全國的軍隊，掌軍令，可以對軍隊發號施令，對武官選拔、考核、升降、賞罰。

    軍機下屬兵部、情報部、后勤部、軍器部、贊畫部、軍工研究院、皇明軍校。

    其中兵部是軍屯部和五軍都督府的集合體，新的五軍都督府包括了軍屯職責，總部以前叫大都督府，朱慈烺將其直接改為兵部。

    軍機與內閣的職權平等，凡軍機要務，內閣無權過問。

    二者一文一武，互不通氣，分別向皇帝奏事，皇帝利用兩者之間的異同，直接控制軍權和政權。

    遇到戰事，皇帝召開御前會議，商量要不要打，打的話將要達到什么戰略目的，然后軍機去執行，下達作戰命令。

    內閣只負責調動各省的后勤支援，當然了，各地都督府也會在當地設立后勤戰備倉儲，隨時應對戰爭，避免文官們后勤不繼拖后腿，影響戰況。

    內閣大臣和軍機大臣，皆由皇帝親自任免，主要以政績與軍功為依據。

    除了皇帝可以制約內閣與軍機，朱慈烺又將都察院和軍法部獨立于內閣與軍機外。

    都察院監察文官，軍法部監察武將，按章程辦事，形成制衡，聽命于皇帝。

    朱慈烺本想將財政權也單獨拿出來的，后來想想還是放棄了，財權要是拿出來，就是北宋的二府三司制了，容易造成冗官的現象，行政效率差。