但司馬元顯心里很明白，桓玄的野心絕不滿足于割據長江上游三個州，如果自己拿不出有效的反制裁措施，很快桓玄會學著桓溫順流而下，窺探皇位。

    迫在眉睫的危機感，壓得司馬元顯喘息困難，坐臥不寧。

    他身邊的謀主張法順提議，趁桓玄剛剛占據三郡，根基未牢，應興兵討伐，以劉牢之的北府軍為先鋒，自己率軍墊后。

    司馬元顯深以為然，跟他想到一塊兒了，于是派張法順前往京口，拜會劉牢之，先探探他的口風。

    幾日后，張法順返回建康，對司馬元顯說，劉牢之面有難色，支支吾吾，恐與朝廷不是一心，不如召入建康面圣，趁機殺了他，以絕后患。

    司馬元顯沒有采納他的建議，因為劉牢之死了，恐怕沒人能鎮得住北府軍，即便是劉牢之不聽我的話討伐桓玄，但圣旨他不能不聽吧。

    恰在此時，不甘心附逆的武昌太守庾楷派人送來密信，他擔心自己夾在荊州和朝廷之間，殃及池魚，決定向朝廷靠攏，信中說朝廷一旦征討桓玄，自己可做內應。

    武昌乃長江中游重鎮，這就更堅定了司馬元顯西征桓玄的決心。

    元興元年（公元402年），大年初一。

    當建康城的百姓們還沉浸在新年的喜慶氣氛中時，一道詔書從宮城中傳出。

    詔書為《討桓玄檄》：

    逆臣桓玄，凌虐人鬼，阻兵荊郢，肆暴都邑。

    天未亡難，兇力繁興，……

    自玄篡逆，于今歷年，……

    仰觀天文，俯察人事，此而能久，孰有可亡！

    歷數荊州刺史桓玄的罪狀，任命尚書令司馬元顯為驃騎大將軍、征討大都督、假黃鉞，都督青、徐、兗、豫、揚等十八州諸軍事。

    再任命鎮北將軍劉牢之為為前鋒都督，任命后將軍譙王司馬尚之統率后衛部隊。

    又下令大赦天下，建康城內外戒嚴，任命會稽王司馬道子為太傅。