清兵進(jìn)關(guān)后，見大順軍從北山至海邊排列成一字長(zhǎng)蛇陣，多爾袞即令清軍沿近海處鱗次布列，吳三桂軍排列于清軍的右邊，采取重點(diǎn)突破戰(zhàn)術(shù)。這時(shí)正值大風(fēng)揚(yáng)塵，能見度很低，清軍得以從容布陣。少頃，風(fēng)止，多爾袞一聲令下，清軍呼嘯出擊，萬馬奔騰，飛矢如蝗。大順軍雖拼死抵抗，但強(qiáng)弱易形，兵員同吳三桂軍已鏖戰(zhàn)一晝夜，面對(duì)以逸待勞的清軍很快就被擊敗，陣容大亂，大將劉宗敏也負(fù)了傷。李自成立馬小崗阜上見敗局已定，下令急速撤退。行至永平府范家店時(shí)，李自成決定將吳襄處斬。二十六日，回到北京，又殺吳三桂家屬三十四口，可見李自成對(duì)吳三桂的勾引清兵、叛變欺詐極為痛恨。而吳三桂卻在山海關(guān)戰(zhàn)役剛剛結(jié)束就率領(lǐng)關(guān)遼軍民剃發(fā)降清，由多爾袞承制封為平定王。

    大順軍敗回北京以后，李自成曾經(jīng)考慮過據(jù)守北京，二十七、二十八兩日采取了備戰(zhàn)措施，責(zé)令軍民火速拆除城外羊馬墻及護(hù)城河旁房屋。但是，經(jīng)過斟酌，大順軍領(lǐng)導(dǎo)人終于決定放棄北京，主動(dòng)西撤。這是因?yàn)榇箜樮娫诒本┑貐^(qū)不可能集中一支足以固守待援的兵力，跟蹤而來的清軍一旦圍城，大順政權(quán)的領(lǐng)導(dǎo)人物和敗回兵將就可能成為甕中之鱉；加上城內(nèi)居民親眼看到大順軍敗陣而回的狼狽情況，訛言四起，潛在的敵對(duì)勢(shì)力也待釁而動(dòng)。在這種形勢(shì)下，李自成斷然決定二十九日在北京舉行即位典禮后，立即率部西撤。離京前“分付闔城人民，俱各出城避難”，同時(shí)下令放火焚毀明代宮殿和各門城樓。大順軍撤退時(shí)，“城中扶老攜幼西奔者絡(luò)繹不絕”，一些明朝降官如龔鼎孳、涂必泓等人也自動(dòng)隨軍西行 。這說明大順政權(quán)在當(dāng)時(shí)仍有相當(dāng)威望，城中官民對(duì)此后局勢(shì)的變化尚難逆料。

    清軍在山海關(guān)地區(qū)作了短暫的休整，即向北京進(jìn)發(fā)。四月三十日晚上，多爾袞在薊縣獲悉大順軍已經(jīng)撤離北京，命令多鐸、阿濟(jì)格和吳三桂等帶領(lǐng)精兵火速追擊，目的是進(jìn)一步重創(chuàng)大順軍，盡量截留被大順軍運(yùn)走的金銀財(cái)物。他自己率領(lǐng)部分兵力于五月初二日由朝陽門進(jìn)入北京。當(dāng)時(shí)北京城里的官紳士民并不清楚吳三桂已經(jīng)投降清朝等情況，紛紛傳說吳軍殺敗大順軍，奪回明太子朱慈烺，即將送回北京即位，因此準(zhǔn)備了皇帝的鹵簿法駕出城迎接。沒想到昂然而來的是清攝政王多爾袞，許多人大吃一驚偷偷溜走，少數(shù)官僚則將錯(cuò)就錯(cuò)地把多爾袞迎入劫后僅存的武英殿，拜倒在愛新覺羅皇室腳下。

    五月初八日，清軍在慶都（今河北省望都縣）城東追上大順軍。李自成命蘄侯谷英率兵阻擊，被清軍擊敗，谷英陣亡。接著，清軍又在真定（今河北省正定縣）再次獲勝。大順軍在畿輔已無法立足，經(jīng)井陘退入山西，留精兵扼守固關(guān) 。追擊的清軍于五月十二日返回北京。

    清軍占領(lǐng)北京之后，多爾袞嚴(yán)禁搶掠，停止剃發(fā)，為明崇禎帝朱由檢發(fā)喪，博得了漢族士紳的好感，然后迎請(qǐng)順治小皇帝赴京登基，很快穩(wěn)定了占領(lǐng)區(qū)內(nèi)的形勢(shì)。順治元年（1644年）六月，多爾袞與諸王貝勒大臣商議決定，遷都北京。清廷遷都北京既是出于統(tǒng)一中原、雄霸九州的目光，也是基于退可出關(guān)外的戰(zhàn)略考慮。清廷以多爾袞為首者認(rèn)為要“以圖進(jìn)取”，必須遷都北京，只有占據(jù)這個(gè)關(guān)口才能進(jìn)而統(tǒng)一全國(guó)，“以建萬年不拔之業(yè)”。八月二十日，清朝開始遷都。九月，順治帝從盛京（沈陽）到達(dá)北京。 十月初一，順治帝在皇極門（順治二年改稱太和門）向全國(guó)頒布登基詔書，清王朝正式定都北京，開始了以北京為都城的長(zhǎng)達(dá)260多年的統(tǒng)治。

    順治元年（1644年）十月，清軍分南北兩路進(jìn)攻大順軍：北路由英親王阿濟(jì)格、吳三桂、尚可喜率領(lǐng)經(jīng)大同、榆林、延安南下，南路由豫親王多鐸、孔有德率領(lǐng)經(jīng)河南進(jìn)攻潼關(guān)。同時(shí)，肅親王豪格率領(lǐng)的一部清軍業(yè)已占領(lǐng)河南、山東一些地方。翌年（1645年）正月，多鐸在潼關(guān)擊敗大順軍，李自成率主力連夜撤回西安。潼關(guān)為清軍所占，入陜門戶洞開。阿濟(jì)格部清軍進(jìn)入陜北后，以一部分兵力圍攻據(jù)守榆林、延安的李過、高一功部大順軍，自己領(lǐng)兵南下西安。自此，李過、高一功部被切斷了往西安的退路，被迫放棄陜北，取道漢中，由四川入鄂。在清軍兩路重兵合擊下，李自成不得不放棄西安，取道商洛、豫西，轉(zhuǎn)入湖廣襄陽。

    占領(lǐng)西安后，清廷命多鐸部東進(jìn)南京，摧毀弘光政權(quán)，命阿濟(jì)格部繼續(xù)追擊大順軍。此時(shí)，50萬大順軍已是軍心渙散、紀(jì)律松懈、指揮混亂，在清軍追擊下，在襄陽、九江等地連敗十三仗，喪失了全部轄地。五月，李自成率兵一部退至湖北通山縣九宮山時(shí)，遭當(dāng)?shù)氐刂魑溲b襲擊，不幸犧牲，大順政權(quán)遂而瓦解。其余部30余萬后來在李過、李來亨等領(lǐng)導(dǎo)下與南明政權(quán)聯(lián)合，繼續(xù)抗清，最后于康熙三年（1664年）失敗。

    張獻(xiàn)忠的大西政權(quán)由于地處四川一隅，對(duì)全局無太大影響，所以清廷在摧毀大順政權(quán)和弘光政權(quán)之后，開始把注意力轉(zhuǎn)向割據(jù)一方的大西軍。順治三年（1646年），豪格率清軍由陜西入川，征討“大西”政權(quán)。十一月，清軍對(duì)張獻(xiàn)忠在西充的大營(yíng)發(fā)動(dòng)了凌厲的攻勢(shì)，農(nóng)民軍兵敗如山倒，張獻(xiàn)忠也在此役中中箭身亡。大西政權(quán)隨之瓦解。其余部在孫可望、李定國(guó)領(lǐng)導(dǎo)下南走云貴，逐步走上聯(lián)明抗清的軌道，成為永歷朝的軍事支柱。后來孫可望投清，李定國(guó)繼續(xù)斗爭(zhēng)，堅(jiān)持到清康熙元年（1662年），最后失敗。

    明朝滅亡后，福王朱由崧監(jiān)國(guó)南京，后即皇帝位，改元弘光。在面臨戰(zhàn)爭(zhēng)這個(gè)關(guān)系命運(yùn)存亡的問題上，也是舉足失措。他們天天講“討賊”、喊“中興”，報(bào)君父之仇，把主要危險(xiǎn)和敵人看成是李自成和張獻(xiàn)忠等農(nóng)民軍，以全力防御。其實(shí)他們對(duì)北方的情況一點(diǎn)也不了解，還看不到威脅南明存亡的已不是農(nóng)民軍，恰恰是清政權(quán)。六月間，史可法在《款清滅寇疏》中，還強(qiáng)調(diào)：“目前最急者，無逾于辦寇矣。”事實(shí)是，農(nóng)民軍已被清、吳軍擊敗，退到陜西后，一蹶不振了。而清已據(jù)有北京及其畿輔地區(qū)，正在準(zhǔn)備南下。史可法及南明決策人還不以為意，說：“但清既能殺賊，即是為我復(fù)仇。予以義名，因其順勢(shì)，先國(guó)仇之大而特宥其前辜，借兵力之強(qiáng)而盡殲其丑類，亦今日不得不然之著數(shù)也。”他們把清入京看成是幫助明朝復(fù)仇的友好舉動(dòng)，主張繼續(xù)借用清兵全殲農(nóng)民軍。與清議和，實(shí)行“聯(lián)虜擊寇”的方針，是舉朝一致的意見，已成為南明一項(xiàng)國(guó)策。

    順治二年（1645年）四月辛未，清軍圍攻江北重鎮(zhèn)揚(yáng)州。督師江北的兵部尚書史可法率城中百姓抵御清軍，最終揚(yáng)州在被圍五天后淪陷。清軍攻破揚(yáng)州之后進(jìn)行了十天屠殺，史稱“揚(yáng)州十日”。五月初八己丑，清軍自瓜洲渡江。清軍攻克南京后，多鐸命降將劉良佐帶清兵追擊弘光帝。五月二十二日癸卯，總兵田雄、馬得功、丘鉞、張杰、黃名、陳獻(xiàn)策沖上御舟，劫持弘光帝，將其獻(xiàn)給清軍。豫王多鐸命去鎖鏈，以紅繩捆綁。五月二十五日丙午，朱由崧乘無幔小轎入南京聚寶門，頭蒙緇素帕，身衣藍(lán)布袍，以油扇掩面，兩妃乘驢隨后，夾路百姓唾罵，有投瓦礫者。多鐸在靈璧侯府設(shè)宴，命朱由崧居于北來太子之下。宴罷，拘弘光帝于江寧縣署。

    弘光政權(quán)覆滅后，東南地區(qū)先后又出現(xiàn)了兩個(gè)明政權(quán)。順治二年（1645年）閏六月二十七日，張肯堂、黃道周、鄭芝龍等舊明官僚擁立唐王朱聿鍵在福州即位，年號(hào)隆武，是為隆武政權(quán)。次日，張國(guó)維、張煌言等另一批舊明官僚擁魯王朱以海監(jiān)國(guó)于紹興，是為魯王政權(quán)。兩政權(quán)都占有一定地盤，擁有一定兵力，但政治腐敗、內(nèi)部分裂，相互間不能協(xié)同作戰(zhàn)。

    順治三年（1646年）正月，清廷命博洛為征南大將軍，南下浙、閩。五月，清軍趁天旱水淺之機(jī)渡過錢塘江，魯王江上諸軍皆潰。六月，清軍攻占紹興，魯王逃往臺(tái)州。不久，浙東政權(quán)軍事統(tǒng)帥方國(guó)安以及馬士英等降清，寧波、溫州、義烏等地失守，清軍據(jù)有浙江大部。魯王逃往海上，先后依靠鄭彩、張名振、張煌言、鄭成功等保護(hù)。順治八年（1651年）九月，浙東政權(quán)的最后根據(jù)地舟山島被清軍攻占。魯王往依鄭成功。順治十年（1653年）自去“監(jiān)國(guó)”號(hào)，浙東政權(quán)結(jié)束。博洛攻占浙江后，立即揮師南下，分兵兩路經(jīng)衢州、廣信（今江西上饒）撲向福建的隆武政權(quán)。金聲桓部清軍則開始攻贛州，進(jìn)迫福建，切斷唐王與湖廣的聯(lián)系。同時(shí)，隆武政權(quán)掌握兵權(quán)的鄭芝龍暗中降清，“盡撤關(guān)隘水陸諸防”，使清軍從容越過福建的門戶——仙霞嶺，八閩望風(fēng)瓦解。朱聿鍵由延平急奔汀州。清趙布泰軍經(jīng)崇安進(jìn)占福州，鄭芝龍率11萬軍隊(duì)投降。接著，清軍攻占漳州、泉州、興化（今福建莆田）等地。隆武帝又為清兵追騎捕獲，押回福州處死。隆武政權(quán)覆滅。福建、江西盡為清軍所占。

    順治三年（1646年）桂王朱由榔在丁魁楚、瞿式耜等支持下在肇慶稱帝，是為永歷政權(quán)。清軍占領(lǐng)湖南、兩廣后即部署云貴戰(zhàn)事，但是在順治九年至十三年（1652年至1656年）間，永歷政權(quán)在西南以大西軍為主，在東南以鄭成功、張煌言為主，舉行東征和北伐，迫使清廷對(duì)云貴的軍事行動(dòng)中斷了四五年之久。順治十六年（1659年）二月，李定國(guó)在磨盤山（今云南騰沖、龍陵間）伏擊清軍失敗，被迫退走邊境。永歷帝見大勢(shì)已去，遂入緬甸。順治十八年（1661年），清軍以內(nèi)大臣愛星阿為定西將軍自騰越發(fā)兵，分兩路追擊逃緬明軍，南明軍受到重大打擊。十二月，永歷帝被緬人交出，翌年，被吳三桂絞死于昆明。不久，李定國(guó)病逝于勐臘。南明政權(quán)至此徹底滅亡。清軍從入關(guān)到消滅南明政權(quán)花了18年的時(shí)間，入關(guān)戰(zhàn)爭(zhēng)遂告結(jié)束，清朝終于建立起對(duì)全國(guó)的統(tǒng)治。