清軍入關，平定燕京地區，河北地區和中原地區后，迅速挺進江淮地區占領揚州，渡過長江統一江南和嶺南等中國傳統領土。

    隨后，清軍平定云貴之戰，平定三藩之亂，消滅吳氏偽政權統一中國的最后一場大戰爆發了。

    清康熙十九年(1680)，清帝玄燁以蔡毓容為綏遠將軍，總統諸路綠旗兵水陸并進，自沅州（今湖南沅陵）入貴州，與大將軍貝子彰泰所率滿洲兵會師，攻鎮遠衛關，盡毀吳世璠軍營壘。吳軍退走，清軍追擊至偏橋衛，又大敗之，遂克鎮遠。吳世璠將夏國相等以2萬人屯平遠西南山，分兵據守江西坡天險，并布置象陣阻擊清軍，清軍進攻不利，兩天后，清軍再次進攻，吳軍不支，國相棄險退走。清軍進克貴陽，連下安順、石阡、都勻、思南諸府，大敗吳世璠于永寧，貴州平定。彰泰統帥諸路滿、漢兵40萬自貴州入云南，渡盤江，破吳軍于沙子哨，進至臘茄坡，復新興所，克普安。平南大將軍賴塔亦督滿、漢諸路軍自廣西入云南，經田州、泗城、西隆進軍，連敗吳軍，進至距安龍30里之石門坎。吳部將何繼祖擁眾在石門坎憑險拒守。二十年元旦，清軍乘吳軍不備，猛攻石門坎，前后夾擊，吳軍倉促應戰，腹背受敵，不支退走。清軍奪其隘口，復安龍所。何繼祖與詹養、王有功等以2萬人守黃草壩，賴塔督諸軍奮力進攻，激戰數日，破吳軍營壘22座，俘詹養、王有功及其部下千余人，獲象、馬輜重甚多，遂進軍曲靖，與彰泰軍在嵩明州會師，合圍云南省城昆明。吳世璠、胡國柄、劉起龍、郭壯圖等以萬人距城30里列象陣迎戰。彰泰、賴塔左右夾擊，吳軍拼死決斗，五卻五進，象群忽反踐吳軍于金汁河，陣地混亂，清軍乘機突擊，吳軍潰退。清軍追擊至城東歸化寺，自寺西至碧雞關連營作長圍數十里。吳軍尺移諸將家屬于王華山，空城分門防守，從水道運輸，與清軍相持數月。臨安“今云南建水”、永順、姚安、大理等諸路總兵相繼降清。吳世璠急令馬寶、胡國柱自四川，夏國柱自廣西回救云南。彰泰遣兵迎擊。馬寶至姚安降，胡國柱走云龍州。希福破云龍州，胡自殺。夏國相走廣西，李國棟圍之于面板橋，國相亦降。吳世璠割地乞師于達賴喇嘛，收余眾固守。九月，趙良棟軍自四川克雅州復建昌，渡金沙江至云南， 與彰泰軍合攻昆明。世璠出城應戰，敗于桂花寺。賴塔軍以巨炮轟城， 日夜不息，世璠部將余從龍降清。城中食盡援絕，世璠眾內亂，欲擒世璠降清，世璠、郭壯圖自殺，其將何忠出降，云貴平定。

    1683年清軍占領臺灣，消滅明鄭朝廷之后，標準著清軍對明朝的戰爭結束了。

    明朝殘余全部剿滅后清軍進行了十幾年的休整，清康熙三十五年（1696年）清朝對蒙古的莫多之戰爆發，清軍在昭莫多以伏擊大敗衛拉特蒙古準噶爾軍的關鍵一戰，昭莫多之戰是清軍擊敗噶爾丹軍的關鍵一戰。

    蒙古準噶爾部首領噶爾丹自烏蘭布通之戰敗歸后，在科布多重整舊部，又從沙俄處購買槍炮，經過幾年經營，逐漸恢復元氣。康熙三十四年（1695年），噶爾丹再次發兵2萬攻打喀爾喀蒙古，隨后沿克魯倫河一路東犯，進抵巴顏烏蘭（今蒙古國溫都爾汗西）。當年11月，康熙決定再次親征討伐，徹底解決漠西蒙古之患。按照康熙的進軍計劃，清軍一共兵分3路：黑龍江將軍薩布素率東路軍9000人，出興安嶺沿克魯倫河西進；撫遠大將軍費揚古、振武將軍孫思克率西路軍4.6萬人，分別自歸化（今內蒙古呼和浩特）、寧夏等地出兵，沿翁金河北上斷其退路；康熙親率中路軍3.4萬人，出獨石口（今河北沽源南），經克魯倫河上游北上。一切布置停當后，激戰半日，準噶爾軍未能沖破戰陣。噶爾丹腹背受敵，全軍崩潰瓦解，其妻阿努被火槍打死。清軍趁夜追殺30里，至特勒爾濟口方收兵，一路斬殺3000余人，收降千余人，俘獲牲畜6萬余頭，噶爾丹僅率數十騎逃走。于次年5月3日服毒身亡。

    從此，噶爾丹勢孤力窮，歷時近10年的叛亂終于得以平定。喀爾喀地區重新統一于清朝。噶爾丹在漠北以逸待勞，形勢原為有利；清軍勞師遠襲，形勢原本不利，但交戰結果，清軍卻大獲全勝。這一勝一負，雙方在作戰方面均有其深刻的經驗教訓。

    征服蒙古勢力，控制漠北和西域后，清朝征服西藏的戰爭打響，清安定西藏之戰是康熙五十六年（1717年）至五十九年（1720年），清軍擊敗占擾西藏的準噶爾部，征服西藏的重要戰爭。

    康熙二十一年，西藏五世達賴喇嘛羅桑嘉措逝世，第巴桑結嘉措秘不發喪，竊據重權。十五年后，即康熙三十六清廷才發現這一陰謀。同年十月，冊封六世達賴喇嘛倉央嘉措，仍由桑結嘉措任第巴，管理政務。統治西藏的另一政治勢力代表為準噶爾和碩特汗。

    康熙四十年，和碩特拉藏汗繼位。為爭奪西藏大權，拉藏汗與桑結嘉措的矛盾日益激化，終于引發出一場軍事沖突。康熙四十四年七月，桑結嘉措兵敗被殺，拉藏汗控制了西藏。拉藏汗經清廷批準，選立益西嘉措為六世達賴喇嘛。然而，青海各蒙古臺吉另選立里塘（今四川理塘）的噶桑嘉措為六世達賴。于是，雙方發生真假達賴之爭，實際上反映出各派政治力量的激烈斗爭。

    康熙四十八年，康熙帝派戶部侍郎赫壽到西藏，協同拉藏汗處理西藏政務，此為設置駐藏大臣之始。四十九年，清廷正式冊封拉藏汗選立的益西嘉措為六世達賴喇嘛。五十五年，年又將青海眾臺吉選立的噶桑嘉措安置在塔爾寺（今青海湟中）。歷經多年的真假達賴之爭，表面上告一段落，實際上激流暗涌。準噶爾部首領策妄阿拉布坦乘噶爾丹與清軍作戰時，迅速發展力量，又因從征噶爾丹有功，被清廷信任，清廷將噶爾丹的部眾全部交給他，并準其在阿爾泰山以西地區游牧。準噶爾遂發展為西域大部落。準噶爾部與和碩特部素有矛盾，策妄阿拉布坦對和碩特部拉藏汗控制西藏早就心懷不滿，見拉藏汗與青海諸臺吉為真假達賴爭論不已，便決意趁機出兵。策妄阿拉布坦先娶拉藏汗之姐為妻，又贅拉藏汗之子為婿，使拉藏汗放松對他的戒備。

    康熙五十四年，策妄阿拉布坦犯掠哈密，企圖打通由新疆東部經青海入藏的道路。康熙帝立即命將軍富寧安帶兵前往攔截；征喀爾喀蒙古兵集結在歸化城（今內蒙古呼和浩特），準備出擊；命右衛將軍費揚固總理軍務。當年八月，富寧安率軍到達巴里坤。策妄阿拉布坦將哈密等地劫掠一空而去。應富寧安建議，清軍在哈密、巴里坤等地募兵屯田，以備邊警。清廷另命青海諸臺吉選調兵馬，屯于噶斯湖畔（今青海油砂山西南），阻斷由青海入藏之路。策妄阿拉布坦見清軍于東面加強防御，便決定由西面入藏，即由伊犁（今新疆伊寧）經阿克蘇、喀什噶爾、葉爾羌（今新疆莎車）、和闐（今新疆和田）等地，繞沙漠，翻雪山，進入西藏。

    康熙五十五年十月，策妄阿拉布坦以護送拉藏汗之子噶爾丹丹衷夫婦回藏省親為名，派大策零敦多布等率6000兵，向西藏進發。他們晝伏夜行，于次年七月到達西藏北部的納克產（今西藏奇林錯東南，加林錯東北）地區，順利通過騰格里海天險，直趨達木（今西藏當雄）。防守達木的藏軍與準噶爾兵發生激烈戰斗。拉藏汗正欲親自往達木迎接親人，卻得知達木已成為戰場，便倉猝調集軍隊，在達木一帶阻擊敵人。雙方于達木相持兩個月后，藏兵抵擋不住，于十月八日退至拉薩。

    十月三十日深夜，大策零敦多布圍攻拉薩，第二天，攻入城內，殺死拉藏汗，拘押達賴喇嘛，搶掠各廟宇，將貴重物品運回伊犁。策妄阿拉布坦授意大策零敦多布，在西藏組成以達克咱（即達改哇·拉嘉熱丹）為第巴的親準噶爾政權。

    在策妄阿拉布坦派兵進藏之初，康熙帝判斷其很有可能與拉藏汗聯兵，進攻青海，因而著力加強青海的防御。康熙五十六年七月，康熙帝調署理西安將軍湖廣總督額倫特，由新疆巴里坤至青海西寧，料理軍務糧餉；命西寧總兵官王以謙、侍讀學士查禮渾在松潘預備，調荊州2000滿洲兵往四川成都，太原500滿洲兵往西安。九月初，康熙帝遣侍衛色楞赴青海。十月下旬，準噶爾兵正月進攻拉薩的消息，由青海親王羅卜藏丹津奏報給朝廷，康熙帝急派都統和禮往云南；護軍統領溫普往打箭爐（今四川康定），防準噶爾東進川滇；命青海各臺吉加強防御，并派內大臣策旺諾爾布、將軍額倫特、侍衛阿齊圖等，扎于青海各要地，防范準噶爾。

    康熙五十七年初，康熙帝接到拉藏汗于拉薩城即將被攻破時寫的奏疏。不久，又得到確切消息，拉藏汗已被殺害，西藏陷入準噶爾之手。二月十三日，康熙帝命侍衛色楞領兵2400人，由青海進討西藏。五月十三日，色楞率兵前進到青藏交界之穆魯烏蘇（今青海通天河），將軍額倫特遣人送信言，已奉旨誘準噶爾兵。對這個誘敵深入、以逸待勞的作戰方案，色楞未肯接受。他求勝心切，驕傲輕敵，率兵徑入西藏。額倫特奉命率兵策應，于六月十八日也越過穆魯烏蘇，由七岔河抄小路追趕色楞所部。

    入藏后，色楞部接連小勝準噶爾，于是步步深入藏地，于七月二十日到達喀喇烏蘇（今西藏那曲），在河北岸安營，暫待額倫特所部。約于八月初，兩軍會合。色楞與額倫特遂決計渡過喀喇烏蘇河后，占領狼臘嶺，然后挺進達木。其時，大策零敦多布已在喀喇烏蘇布陣，聚集準噶爾兵和藏兵共數萬人，一半防守河南岸，一半繞至清軍側后，截斷了清軍的餉道。清軍被包圍后，多次突圍未成，到九月中下旬，彈盡糧絕，全軍覆沒。額倫特陣亡，色楞等5人被俘遇難。此戰后，準噶爾更加囂張，東進到喀木地．區，窺伺巴塘、里塘，謀犯川滇。康熙帝認為，西藏屏蔽青、滇、川，如讓準噶爾長期占據，將邊無寧日，遂不顧大臣們反對，決意再次出兵安藏。此次作戰，進行了充分的準備。一是任命皇十四子固山貝子允禵為撫遠大將軍；二是派熟悉邊情的四川巡撫年羹堯為四川總督，開辟由四川進藏的路線，籌足糧餉，開設驛站；三是冊封塔爾寺的噶桑嘉措為新的六世達賴喇嘛，以更廣泛地團結廣大藏軍和青海各部；四是以護送達賴喇嘛為名，進兵西藏。

    康熙五十九年正月三十日，康熙帝命撫遠大將軍允禵率軍，由西寧移駐穆魯烏蘇，居中調度；授都統延信為平逆將軍，出青海，向喀喇烏蘇進兵，此為清軍中路；授護軍統領噶爾弼為定西將軍，會合云南都統武格所部，由四川巴塘進藏，此為清軍南路；命靖逆將軍富寧安與振武將軍傅爾丹，分別于巴里坤、阿爾泰策應。當年四月，清軍出發。平逆將軍延信統領中路清軍，護送達賴喇嘛，由西寧進藏。這條道路多深山窮谷，瘴氣彌漫，清軍除戰勝惡劣的自然條件外，接連打破大策零敦多布的重重阻截。